Progesteron beskrivs ofta som östrogenets motsats och behövs för att bromsa östrogenets effekter. Progesteronets viktigaste uppgift för fertiliteten är att se till att graviditeten bibehålls men har också många andra viktiga uppgifter i kroppen. Bland annat så har hormonet en lugnande och stabiliserande effekt på humör och vävnad. Progesteron stöttar även våra lugnande, feel good signalsubstanser GABA och serotonin.
En "normal" menscykel börjar med att både östrogen och progesteron ligger lågt. Östrogenet ska sedan stiga någon dag efter mensens slut och nå sin topp precis innan ägglossning. Efter ägglossning faller östrogenet och ska under de sista två veckorna under cykeln befinna sig på en halvhög nivå medan progesteronet ska stiga och därmed bli dominant. I de fall det finns en obalans mellan östrogen och progesteron, vanligen ostabila eller låga nivåer av progesteron, kan man uppleva PMS-symtom.